EESTI GENOOMIKAKESKUS
TÜ genoomika instituudi tuumiklabor
TÜ genoomika instituudi tuumiklabor
Pakutavad teenused
Illumina iScan võimaldab kiibipõhist ülegenoomset genotüpiseerimist ja DNA metülatsiooni analüüsi.
Tuumiklabori poolt pakutavate genotüpiseerimisteenuste hulka kuuluvad kõik Illumina poolt pakutavad genotüpiseerimiskiibid ja genoomi metülatsioonimustrite määramist võimaldavad kiibid.
Meie teise põlvkonna sekveneerimise (NGS) masinapark võimaldab kasutada kõiki Illumina poolt pakutavaid rakendusi.
Tuumiklabori poolt pakutavad NGS sekveneerimisteenused hõlmavad:
- kogu genoomi sekveneerimine (sh single-read, paired-end ja mate-pair järjestused),
- suunatud ehk huvipakkuvate alade sekveneerimine (nt eksoom, vähi geenid, kaasasündinud haiguste geenid, rRNA geenid jms),
- kogu transkriptoomi ehk RNA sekveneerimine,
- valku kodeeriva mRNA sekveneerimine, valk-DNA interaktsioonide sekveneerimine (ChIPseq), bisulfit tehnoloogiaga sekveneerimine DNA metülatsiooni analüüsiks (sh kogu DNA või huvipakkuvate regioonide sekveneerimine),
- mikrobioomi sekveneerimine ehk erinevate organite (nt soolestiku või naha) või keskkonna bakterikoosluste määramine
Tuumiklabor pakub samuti Sanger sekveneerimise teenustööd. Analüüse viime läbi Applied Biosystemsi kapillaarelektroforeesimasinatel.
Tuumiklaboris kasutatavad masinad
iScan
on genotüpiseerimise ja metülatsiooni analüüsiks.
MiSeq
on põhiliselt väiksemate genoomide (mikroorganismid) kiireks ning lihtsaks protsessimiseks.
HiSeq2500
on võimas teise põlvkonna sekvenaator kahe eri mooduliga, mis suudab analüüsida korraga suurel hulgal proove.
Applied Biosystems 3730xl DNA Analyzer
- 96 kapillaari
- 50 cm kapillaarid
- POP-7™ polümeer