EESTI GENOOMIKAKESKUS
TÜ genoomika instituudi tuumiklabor
TÜ genoomika instituudi tuumiklabor
TÜ genoomika instituudi tuumiklabor moodustati 1. jaanuaril 2018. aastal TÜ Eesti geenivaramu ja ülikooliga liitunud Eesti biokeskuse alusel. Liitunud TÜ Eesti geenivaramu ja Eesti biokeskuse tuumiklaborid alustasid tööd juba 2006. aastal, seega on mõlemal laboril pikaajaline kogemus DNA genotüpiseerimise ja DNA ning RNA sekveneerimise osas.
Tuumiklaboris on kasutusel Illumina genotüpiseerimise ja NGS (next generation sequencing) sekveneerimise tehnoloogia. Samuti on laboril pikaajaline Sanger sekveneerimise tehnoloogia kasutamise kogemus.
Tuumiklabor pakub oma teenuseid nii Eestis kui välismaal asuvatele teadus- ja meditsiiniasutustele. Suuremad kliendid väljaspool Tartu ülikooli on siiani olnud Soomest, Lätist, Inglismaalt ja Venemaalt. 2013. aastal omandas tuumiklabor Illumina CSPro (Certified Service Provider) sertifikaadi nii genotüpiseerimises ja NGS sekveneerimises. See tagab kõrge kvaliteediga laboritöö, usaldusväärsed tulemused ja kiire teeninduse.
Pakutavad teenused
Illumina iScan võimaldab kiibipõhist ülegenoomset genotüpiseerimist ja DNA metülatsiooni analüüsi.
Tuumiklabori poolt pakutavate genotüpiseerimisteenuste hulka kuuluvad kõik Illumina poolt pakutavad genotüpiseerimiskiibid ja genoomi metülatsioonimustrite määramist võimaldavad kiibid.
Meie teise põlvkonna sekveneerimise (NGS) masinapark võimaldab kasutada kõiki Illumina poolt pakutavaid rakendusi.
Tuumiklabori poolt pakutavad NGS sekveneerimisteenused hõlmavad:
- kogu genoomi sekveneerimine (sh single-read, paired-end ja mate-pair järjestused),
- suunatud ehk huvipakkuvate alade sekveneerimine (nt eksoom, vähi geenid, kaasasündinud haiguste geenid, rRNA geenid jms),
- kogu transkriptoomi ehk RNA sekveneerimine,
- valku kodeeriva mRNA sekveneerimine, valk-DNA interaktsioonide sekveneerimine (ChIPseq), bisulfit tehnoloogiaga sekveneerimine DNA metülatsiooni analüüsiks (sh kogu DNA või huvipakkuvate regioonide sekveneerimine),
- mikrobioomi sekveneerimine ehk erinevate organite (nt soolestiku või naha) või keskkonna bakterikoosluste määramine
Tuumiklabor pakub samuti Sanger sekveneerimise teenustööd. Analüüse viime läbi Applied Biosystemsi kapillaarelektroforeesimasinatel.
Tuumiklaboris kasutatavad masinad
iScan
on genotüpiseerimise ja metülatsiooni analüüsiks.
MiSeq
on põhiliselt väiksemate genoomide (mikroorganismid) kiireks ning lihtsaks protsessimiseks.
Illumina NextSeq 500
SBS-tehnoloogial töötav masin, millega saab genereerida 1x75 ap, 2x75 ap ja 2x150 ap pikkuseid read'e.
HiSeq2500
on võimas teise põlvkonna sekvenaator kahe eri mooduliga, mis suudab analüüsida korraga suurel hulgal proove.
Applied Biosystems 3730xl DNA Analyzer
- 96 kapillaari
- 50 cm kapillaarid
- POP-7™ polümeer
3730xl masinaid on meil kaks. Kasutame neid pikkade sekventside
laskmiseks ja suuremate fragmentanalüüsi tellimuste täitmiseks.
