TÜ Eesti Geenivaramu biopank

Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu biohoidla tegeleb Geenivaramu jaoks kogutud proovide töötlemise, hoiustamise ja väljastamisega. Taristu biohoidlas hoiustatava materjali hulka kuulub DNA, vereplasma, valged vererakud, vereseerum, RNA ja täisveri.

Peamiseks hoiustamiskeskkonnaks on veeldatud lämmastikul põhinevad krüomahutid Air Liquide RCB 600, milliseid on praegu 15. Hetkel on olemasolevast säilitusmahust TÜ EGV proovidega täidetud ca 1,100,000 asukohta.  Seejuures võimaldavad olemasolevad ruumid ja süsteemid tõsta hoiustamismahtu vähemalt 20-30% võrra ning laiendada hoiustatavate nimetuste hulka. Kõikide proovide säilitamise asukohad ja nendega seotud ajapunktid on salvestatud biohoidla infosüsteemides ning on dubleeritud paberkandjal.

Bioloogilise materjali väljastamise struktuuri olulisemaks seadmeks on Hamilton Active Sample Manager hoiustamisrobot, mis võimaldab koos Hamilton Microlab StarPlus pipeteerimisrobotiga hoiustada kuni 100,000 sagedamini kasutatava proovi alikvoote 1,0ml 2D-maatrikskoodiga märgistatud mikrotuubides (-20°C keskkonnas), viia automatiseeritult läbi nende sorteerimist (cherry-picking) hoiustamistemperatuuri juures ning väljastamist 96- või 384-asukohalistes mikroplaatides.  Kogu seadme töö on täisautomaatne võimaldades inimese sekkumiseta väljastada kuni 4000 proovi ööpäevas ning välistades seejuures inimliku eksimuse võimaluse. Seade vähendab oluliselt kontaminatsiooni ohtu, pikendades sellega oluliselt töös olevate alikvootide kasulikku eluiga ja tagab kõrge kvaliteedi.

Active Sample Manager roboti hoiustamismahtu on võimalik vajadusel moodulitena laiendada ning võtta sama süsteemi raames kasutusele ka erinevaid proovide hoiustamisformaate ja -temperatuure.  Proovide ja seadmete turvalisuse tagamiseks on biohoidla ruumides kasutusel automaatne gaaskustutussüsteem ja juurdepääsu turvareeglid. Lisaks sellele on proovide keskkonna ja väljastusprotsessi katkematuse tagamiseks kasutusel katkematu toite allikad ning ka varugeneraator.

Täiendavalt on kasutusel Hamilton Microlab StaLet pipeteerimisrobot, mis võimaldab vajadusel väljastusprotseduuri käigus või ka iseseisvalt viia läbi täiendavaid etappe, näiteks väljastusplaatidest identsete koopiate valmistamine, proovide asukohtade ümberpaigutamine või täiendavate reagentide ja reaktsioonisegude lisamine. Väljastusprotseduuri juures kvaliteedikontrolli läbiviimiseks on kasutusel geelelektroforeesi teostamiseks ning tulemuste lugemiseks vajalikud seadmed. Täiendavat kvaliteedikontrolli on võimalik läbi viia ka Applied Biosystems 7900HT Fast Real-Time PCR seadmel. Sama seade töötab ka kui genotüpiseerimise platvorm või reaalaja PCR masin võimaldades eraldi kasutamist ja teenuse osutamist.

Täpsem info kogutavate proovide ja nende hoiustamise kohta on leitav geenivaramu kodulehelt https://www.geenivaramu.ee/et/biopank.

Andmete väljastamine biopangast

Andmete ja bioloogilise materjali väljastamine on reguleeritud Sotsiaalministri vastava määrusega nr 126 (17.12.2001), mille aluseks on Inimgeeniuuringute seaduse (RTI 2000, 104, 685), § 20 lõige 4.

Andmete väljastamine toimub vastavalt EGV juhtimissüsteemiga sätestatud protseduurile “Andmete ja bioloogilise materjali väljastamine EGV-st”. Andmete ja bioloogilise materjali väljastamise eelduseks on Tartu Ülikooli inimuuuringute eetika komiteest vastava loa saamine. Bioloogilise materjali väljaviimiseks Eestist on vajalik täiendavalt taotleda vastav luba Eesti Vabariigi valitsuselt.

EGV andmebaasi alusel väljastatavate andmete hulka kuuluvad fenotüübi andmed, sh tervise- ja sugupuu andmed, mis hõlmavad informatsiooni toitumise, sotsiaalse käitumise jms kohta vastavalt geenidoonori tervise- ja sugupuu küsimustikule. Kogu väljastatav andmestik on anonüümne. Täiendavalt väljastatavate andmete hulka kuuluvad isiksuse testid ja vere biokeemia analüüsi tulemused. Fenotüübi andmete informatsiooni täiendatakse regulaarselt erinevate andmebaasidega linkimise kaudu (vähiregister, Eesti Haigekassa, surmaregister, TÜ Kliinikumi, PERH-i andmebaas jt). Väljastatava bioloogilise materjali hulka kuuluvad DNA, plasma, WBC, RNA ja seerum.

Andmete väljastamiseks esitatakse andmete väljastamise taotlus ning sõlmitakse andmete väljastamise leping. Andmete väljastamine toimub taotluse esitamise kuupäevast TÜ Eesti Geenivaramule 30 päeva jooksul.

EGV väljastab Eesti akadeemilistele teadusasutustele teadusuuringuteks mõeldud andmeid tasuta, katta tuleb vaid otseselt väljastamisega seonduvad kulud (personali- ja laboritarvikute jooksvad kulud).  Välja on töötatud ja TÜ EGV direktori korraldusega kinnitatud hinnakiri bioloogilise materjali väljastamiseks Eesti Vabariigi avalik-õiguslikele isikutele ja riigiasutustele. Teiste klientide puhul, sh rahvusvahelised teadusasutused ja firmad, vaadatakse iga konkreetset projekti eraldi ja tehakse hinnapakkumine koostööks.

Täpsem info, sh andmete väljastamise vorm, on leitav Geenivaramu kodulehel: https://www.geenivaramu.ee/et/valjastamine